Disney/Pixar’s Finding Nemo obejmuje dwie g艂贸wne linie fabularne. Podobnie jak w animowanym filmie z 2003 roku, klonowy rybka Nemo zmierza do swojego pierwszego dnia w szkole, gdy zostaje schwytana niedaleko Wielkiej Rafy Koralowej w Australii przez nurka i trafia do akwarium w gabinecie dentystycznym. W pierwszej linii fabularnej gracze wcielaj膮 si臋 w posta膰 ojca Nemo, Marlina, kt贸ry, przy pomocy zapominalskiej rybki z gatunku Regal Blue Tang o imieniu Dory, musi rozwi膮zywa膰 艂amig艂贸wki i opanowywa膰 minigry w stylu arkadowym, szukaj膮c swojego zaginionego syna. Druga linia fabularna obejmuje pr贸by Nemo, aby zaprzyja藕ni膰 si臋 z innymi mieszka艅cami akwarium, aby do艂膮czy膰 do grupy Tank Gang i pom贸c w realizacji ich tajnego planu ucieczki. Gracze mog膮 prze艂膮cza膰 si臋 mi臋dzy dwiema liniami fabularnymi w dowolnym momencie podczas przygody, a偶 obie zostan膮 po艂膮czone.
Podczas przygody gracze poznaj膮 postacie z filmu, kt贸re pomagaj膮 Marlina i Nemo w wykonywaniu zada艅. W trakcie historii Marlina gracze musz膮 ucieka膰 przed rekinem Bruce’em, odzyskiwa膰 mask臋 nurka z zatopionego okr臋tu podwodnego, unika膰 ryby-艣wietlika, skaka膰 po labiryncie meduz i podr贸偶owa膰 pr膮dem do portu w Sydney. Tymczasem minigry i 艂amig艂贸wki w segmencie Nemo obejmuj膮 korzystanie z kamyk贸w, aby zablokowa膰 filtr akwarium, 艂apanie baniek przed dotarciem do g贸ry zbiornika, manewrowanie przez labirynt g艂贸w Tiki, pomaganie Jacquesowi odblokowa膰 jego breloczek do kluczy, i ucieczka z rury 艣ciekowej z infestacj膮 krab贸w. Gdy ojciec i syn zostaj膮 ponownie po艂膮czeni, musz膮 uratowa膰 Dory i inne ryby przed sieci膮 rybaka.